Legenda 94-letniej mieszkanki Leśnicy Justyny Lenke z 1682 r., przedstawiona na witrażu w Bazylice, mówi o tym, co widywały straże czuwające na murach miejskich Leśnicy: „widywały o północy ogromną jasność ponad szczytem. W tej jasności widywano również wstępujących do góry franciszkanów niosących zapalone świece i figurę Chrystusa Ukrzyżowanego…” Jak było naprawdę?
Przed przybyciem franciszkanów, kościółek ze szczytu Chełmskiego podlegał przez wiele lat proboszczowi z Leśnicy, który „nie był w stanie otoczyć go odpowiednią opieką duszpasterską; nie było tu codziennych nabożeństw”. Ówczesny właściciel Poręby, do której należała Góra Chełmska – hrabia Melchior Ferdynand de Gaschin – „powziął zamiar, aby dla nieustającego kultu św. Anny, sprowadzić do kościoła na Górę Franciszkanów”.
Dopiero sytuacja polityczna pozwoliła na realizację zamierzeń hrabiego. W roku 1655 podczas wojny polsko-szwedzkiej, kiedy wojska szwedzkie zagroziły Małopolsce, hetman Czarniecki broniąc Krakowa przed Szwedami nakazał spalić klasztor Franciszkanów-Reformatów Prowincji Małopolskiej, przylegający do zewnętrznych murów miasta. Istniała obawa, że Szwedzi z łatwością zdołają poprzez zabudowania klasztorne pokonać mury i dostać się do miasta. Wysiedleni franciszkanie udali się do swojego klasztoru w Gliwicach. Za mało było tam miejsca dla 40 zakonników.
W obliczu takiej sytuacji i przy trzeciej już prośbie hrabiego Melchiora Ferdynanda, władze zakonne na Kapitule pod przewodnictwem O. Krystiana Chojeckiego, dnia 14 października 1655 r. zdecydowały się wysłać 22 zakonników, by opiekowali się kościołem św. Anny.
Pierwsi bracia (w tym 13 studentów) przybyli pod przewodnictwem O. Franciszka Rychłowskiego w uroczystość Wszystkich Świętych tego samego roku. Ponieważ na Górze św. Anny nie było budynku mieszkalnego, pierwszy rok franciszkanie mieszkali przy kościółku cmentarnym w Leśnicy, budując jednocześnie drewniany klasztor na Górze. Dnia 6 sierpnia 1656 r. franciszkanie otrzymali klucze do kościoła i akt darowizny terenu.